หนึ่งปีผ่านไปหลังจากการต่อสู้กันครั้งสุดท้ายที่ลาควา ลิโกะกับมาสเคอเนียกลับไปเข้าเรียนที่โรงเรียนเซกิเอ รอยกับอาจิเกเตอร์ออกเดินทางผจญภัยกันต่อ เส้นทางของทั้งสองคนที่เติบโตขึ้น ต่างมาบรรจบกันอีกครั้ง และเปิดฉากการผจญภัยครั้งใหม่ไปพร้อมกับกัปตันพิคาชู ดอท และอุรุโตะ เพื่อนร่วมเดินทางคนใหม่ ก็มาด้วย!