หนึ่งปีผ่านไปนับจากที่ได้มีการต่อสู้กันครั้งสุดท้ายที่ลาควา รอยที่ออกผจญภัยต่อไปพร้อมกับกัปตันพิคาชู ได้รับข้อมูลเกี่ยวกับโปเกมอนที่มีพฤติกรรมผิดปกติ จึงออกตามสืบ ที่นั่นเอง อุรุโตะ เด็กหนุ่มที่พายามิรามิมาด้วย ก็ปรากฏตัวขึ้น... สิ่งที่รอยและอุรุโตะเห็นในป่าคือ เค็คคิงที่อาละวาดเพราะอิทธิพลของลาควาเรียม ทำไมลาควาเรียมที่น่าจะถูกลบล้างจนสูญสิ้นไปแล้วถึงได้... ในขณะที่ ลิโกะก็ได้กลับไปเข้าเรียนที่โรงเรียนเซกิเอ...
