เพื่อค้นหาข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับเอ็นเต พวกลิโกะจึงกลับมายังภูมิภาคพัลเดียอีกครั้งเพื่อไปพบกับโอโมดากะ ประธานกรรมการโปเกมอนลีกและขออนุญาตเข้าสำรวจ “แอเรียซีโร่ในร่องลึกพัลเดีย” แต่เงื่อนไขที่โอโมดากะตั้งไว้คือต้องเอาชนะเธอในการแบตเทิลโปเกมอน! ลิโกะ รอย ดอท VS โอโมดากะ! ทั้งสามคนจะรับมือกับแชมเปี้ยนอันดับหนึ่งผู้นี้ได้อย่างไร!?
