เรือเหาะของพวกไรซิงโวลต์แท็กเกิลต้องลงจอดฉุกเฉินบนเกาะห่างไกลในภูมิภาคคันโตเนื่องจากเกิดเหตุขัดข้อง จากนั้นโฮเกเตอร์ โปเกมอนประจำเรือก็หายตัวไปตอนไหนก็ไม่รู้! ลิโกะและเนียวฮะจึงได้ขึ้นฝั่งบนเกาะเพื่อตามหาโฮเกเตอร์ ในขณะเดียวกัน เด็กหนุ่มชื่อรอยที่อาศัยอยู่บนเกาะที่ห่างไกลได้เห็นโปเกมอนปริศนาตัวหนึ่งที่ไม่เคยพบเห็นมาก่อนในเกาะนี้…!?
